合成生物学(工程生物学)是生命科学领域的一门新兴交叉科学,被认为是理解生命的新钥匙(造物致知)和未来的颠覆性技术之一(造物致用)。

为进一步加强国内外合成生物学领域的交流合作,提高我国在合成生物学领域的国际地位,推动国内生物产业蓬勃发展, 2023 年 4 月 27-28 日第四届工程生物创新大会、第二届中国合成生物学学术年会、首届亚洲合成生物创新大会将在深圳光明科学城启幕,为推动中国与亚洲合成生物科学与产业发展提供交流平台,为加速深圳合成生物产业发展集聚贡献力量。

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以下是上海曼森生物科技有限公司董事长、创始人郝玉有在第四届工程生物创新大会上的精彩致辞,由云现场整理。

大家下午好!我是上海曼森的创始人、总经理郝玉有,我过去是做合成生物学的,做了八年,在赵老师的团队,上海植物生理生态所做了八年。我现在反过来为合成生物学进行赋能,我们通过发酵工程、发酵技术,解决合成生物学当中的一些问题。

今天我想跟大家分享几个观点。

一、发酵技术成为合成生物学产业化过程的技术堵点

很多人还认为发酵技术是合成生物学能跨过这个死亡谷的点。为什么大家一直认为发酵技术是合成生物学的技术堵点?首先,合成生物技术这二十多年的发展,进步是非常快的,现在基本上构建的菌株,可以快速、高通量、自动化、低成本地实现菌种的构建,从过去的几年、几个月,甚至现在缩短到几个礼拜,就可以实现大量菌种的构建。但对应的接下来的发酵工程技术,是“卡脖子”技术,没有对应高通量、低成本、自动化的发酵技术,希望通过我们的工作来解决一些这样的问题。

二、高通量自动化多参数的发酵平台是打通堵点的有效办法

在合成生物学比较长的路线中,上游的菌种构建、中游的工艺开发,中间有脱节。这个脱节表现在,我们在上游菌种构建的过程中,过多把精力注意力集中于遗传因素的改变、代谢突击网络,忽略了发酵过程中,以及反应器当中的参数对细胞的影响。比如操作变量,这些都会最终作用到细胞内,引起生理状态的变化。而这些生理参数的变化,反过来进一步影响发酵细胞的变化,这些更多是环境因素的影响,结合遗传变量的影响,才能为菌种的构建增加更多的信息变量。过去在发酵的过程当中,反应器产生了一些影响,所以我提出了DBTL循环。基于生物铸造的模式,加上发酵过程的参数,打通了细胞内、细胞外,包括反应器里面、反应器外面的参数影响,所以我们提出了跨尺度的方式,实现细胞外影响的相互作用。

还有一个脱节的现象,我们在菌种筛选的环节,大家能用的主要是摇瓶试管,好处是通量高,操作方便,缺点是没有参数可控可检测。反应器正好相关,反应器有各种检测和控制,但通量低。这一点在过去的体量不明显,但随着合成生物技术的发展,大量的菌种等待着验证和开发,这个时候需要一种反应器,能够把过去摇瓶的优点和反应器的优点结合起来,把菌种筛选和工艺开发有机结合起来。因为这个环节,随着合成生物技术的发展,有大量的工艺参数需要测试,而这样的测试,需要我们开发一个新型反应器解决这个问题。

过去的反应器已经使用了这么多年。传统的反应器由于设备大、重量重,一次只能做几个实验,一年下来只能做几个批次。过去的反应器在使用当中,对人为有比较高的要求,而且对中间配套的设施也有很多要求,抑制了很多试剂的需要。随着反应器技术的发展,我们可以开发高通量的发酵平台,而这样的平台可以帮助我们的用户实现降本增效和提速。首先是降本,比如同样是100平米的实验室,如果用高通量的反应器,可以放100个发酵罐,而过去的反应器只能摆10个发酵罐。不仅节省了空间,还节省了人员现在操作一个高通量的发酵平台,可能五六个人就可以操作,但过去这是不现实的。另外,对材料试剂的耗材也会大大节省。它可以实现什么样的好处?开发一个工艺,我们过去需要5-10年的时间,现在缩短到3-6个月,就可以实现工艺的开发,在合成生物学领域,这实际上是非常有价值的基础设施配置,能够把我们过去需要这么多年的时间进行大大缩短;第二,进行菌种与工艺的匹配。这个菌种可能换一个工艺,就会体现得非常好了,这是一个匹配的过程;第三,数据驱动的决策。可能不用过多依赖于人了。

这方面的发展,在国际上已经有很多年了,有一些代表性的,像Infors、Culture,是国际上做得比较好的。国内比较有代表性的就是迪必尔和我们曼森,迪必尔是比较超前、做得比较好的一家公司,他们的产品在国内的应用领域也比较广。

三、平行生物反应器是搭建高通量发酵平台的首选工具

平行反应器,是把过去反应器上有的参数,它都具备。过去反应器的控制,必须一个一个叠加,或者一个电脑多个界面实现,很难实现同步化,平行反应器的技术原理实现有改变,用主板芯片的方式替代PLC、变声器、驱动器,有一个就够了,或者说只需要一个就可以实现。国际上这种反应器,基本都采用这种原理。

接下来介绍一下我们的基础工作。我们开发的平行反应器,体积是500ml、1000ml,我这里留了一个视频号,大家可以扫码关注我们视频号里有关这类反应器的使用场景。

我们具体做了一些改进。首先,我们采用了主板芯片控制的原理,它的好处,各个发酵罐的实验同步,所以它就平行了。比如一个这样的芯片,可以控制很多发酵罐。过去的这种原理,它的元器件的阻点比较多,发生故障的频率比较高。但如果改成芯片的方式,故障率会大大降低。即使有了故障,更换一个这样的芯片,其实是非常方便的,不需要我们厂家去更换,用户自己就可以更换,而且用的时间也很短,这是带来的好处。

另外,这种主板芯片的控制原理,实现了信号并行的发射和控制,不管有多少罐,它是并行的,时间会延长。在这种基础上,未来扩展参数是比较容易的。我们传统的发酵罐,一般有20个左右的参数,但我们预留了40多个参数,未来要增加参数的时候,直接一接就可以了,比如红外、生化分析仪、活细胞仪,直接接就可以了,不需要进行改变。最终这样的反应器,我们这个反应器最大的优点就是平行性。这上面是8个罐的参数,综合到一起,有了这样的优势特点以后,对我们开发工艺来说是非常有帮助的。

四、曼森平行生物反应器的特点、优势和选型

不需要看说明书,软件非常易用,界面简洁。它可以一台电脑控制、一个窗口设置、一个坐标显示、一键标定、一键设置、一键启动、一键停止、任意分组、分时控制,比如搅拌、温度、空气都可以做这样的变量设计。我们现在还可以开发一些新的信号,虽然这个是单个的,但依然可以做到平行性,用一个电脑或一个界面,就可以控制所有的发酵罐,我们最终的目标,主要是为了搭建这样的高通量平台,只要你有iPad或手机,就可以在办公室控制它,就可以调动它的参数。如果你配置很多的时候,我们可以增加灯带,比如哪个发酵罐出现故障,很容易显示,实现移动控制+远程控制的模式。

五、高通量发酵模式下的新问题和系统性解决方案

发酵罐多了以后,你的培养基怎么配置、封装?第二,怎么实现同步的灭菌?因为灭菌的过程,是影响最大的问题,要实现同步灭菌。第三,样品的取样也是实现自动化,不管有多少个在线参数,你的很多指标是在线参数测不了的。第四,怎么检测?第五,样品怎么保管?第六,怎么青溪?这些都需要配套的自动化跟上,我们在这些方面设置了相应的装备及软件,实现数据的集成管理。我们在这块有相应的装备,已经配套上去了,有的已经开始销售了,还有的处于方案阶段,这些大部分都是能够直接用的,我们把样品取了之后,由移动机器人送到检测室,实现样品的检测,包括离心、测温度值,这些方面都可以完全实现无人化的模式,包括整合第三方的检测仪器。

高通量以后,还会带来一个问题,菌种的量不够,所以我们要开发高通量自动化的菌种筛选,我们做出了一系列模块化的机器人,实现了节点单元操作的自动化,也可以把这些自动化整合起来,打通全流程的自动化,希望实现整个流程的通量匹配以及自动化和效率的匹配,因为可能你有一步的通量很高,实现了单批次是1万个,但另外的通量很低,整体的通量就下来了,所以在一个非常长的通道当中,需要打通全流程。目前我们的产品已经实现销售了,大家可以在视频号当中看到我们每个产品实际使用的流程。

总的来说,我们的目标是,通过我们的自动化,结合我们的平行反应器,解决整个生物产业链当中的两个“卡脖子”技术,这样我们的AI辅助设计就可以做得非常好。合成生物学不用说了,中间有两个环节,一个是筛选,另一个是工艺开发,这是最“卡脖子”的部分。我们通过自动化筛选平台、高通量发酵平台,来打通“卡脖子”的技术,我们能够提供一站式服务的解决方案。

我们公司主要是围绕合成生物学、传统发酵领域提供装备,提供“提速降本增效”的整体解决方案。大家刚刚看到的,都是我们已经在销售的产品了,希望通过这个,改变整个生物产业,特别是发酵产业当中数字化的升级改造。我们团队主要是来自于中科院合成生物所重点实验室,以及华东理工大学。

以上就是关于曼森做的基础工作,谢谢大家。